Si ya realizaste la integración con MercadoPago para que tus clientes paguen con código QR puedes activar para que también lo hagan en linea, si aun no lo has hecho has click aquí para que puedas hacer también esta integración.

Lo primero que debes hacer es activar la forma de pago en el Menú Lateral-->Restaurant-->Ajustes Generales -->Formas de pago

Seleccionar la forma de pago Mercado Pago Checkout

Luego marcar la opción Activa, presionar OK y Guardar en Ajustes Generales

Listo! ya tienes creado la forma de pago